#!/bin/bash

#sprawdzanie parametrow skryptu
if [ $# -eq 0 ]; then
        echo "Sposob uzycia: $0 plik.wej"
        exit 1
fi

if [ ! -f "$1" ]; then
        echo "Brak pliku $1"
        exit 1
fi

#do qsub idzie to co miedzy EOF
cat << EOF | sbatch -p normal
#!/bin/bash --login
#SBATCH --time=504:00:00
#SBATCH -N1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --mem=5000MB
#SBATCH --job-name=kons

#nazwa katologu w ktorym bedzie liczenie
#export DIR1=$NAZWA_ZAD

cd \$SLURM_SUBMIT_DIR

#mkdir ./\$DIR1
#cd ./\$DIR1

cp \${SLURM_SUBMIT_DIR}/* ./
    
    #uruchomienie
/home/pamac/BEM2/iqtree-2.2.0-Linux/bin/iqtree2  -t $1 -con

#echo "skonczony proces $NAZWA_ZAD" | mail -s cluster pamac
EOF











